Każda mediacja może przebiegać nieco inaczej, ale powinna obejmować kilka podstawowych etapów.
Pierwszym etapem jest kontakt z mediatorem i wstępna ocena sprawy. Mediator powinien ustalić, czego dotyczy konflikt, czy obie strony rzeczywiście wyrażają zgodę na mediację oraz czy istnieją okoliczności mogące wpływać na bezpieczeństwo lub swobodę podejmowania decyzji. W sprawach rodzinnych szczególnie istotne jest rozpoznanie przemocy, zastraszenia, zależności finansowej lub silnej nierównowagi pomiędzy rodzicami.
Następnie mediator wyjaśnia zasady mediacji. Rodzice powinni wiedzieć, że udział w niej jest dobrowolny, rozmowy są poufne, mediator nie opowiada się po żadnej ze stron, a każda osoba może w każdej chwili przerwać mediację, jeżeli nie czuje się bezpiecznie, pod presją lub uzna, że dalsze rozmowy nie prowadzą do konstruktywnych ustaleń. Względnie - uzna, że mediator nie zachowuje bezstronności. Warto dodać, że rezygnacja z mediacji nie wywołuje dla osoby, która od niej odstępuje żadnych negatywnych konsekwencji - także gdy mediacja została zlecona przez sąd.
Kolejny etap to określenie tematów wymagających uzgodnienia. W sprawie o kontakty zwykle nie chodzi wyłącznie o wskazanie dni i godzin. Warto także ustalić sposób odbierania i odwożenia dziecka, miejsce przekazania, kontakty podczas wakacji, ferii i świąt, czy innych dni szczególnych, harmonogram rozmów telefonicznych, zasady informowania o chorobie lub wyjazdach, sposób odwoływania i odrabiania spotkań oraz postępowanie w sytuacjach nagłych. Katalog jest otwarty.
Następnie rozmowa koncentruje się na potrzebach konkretnego dziecka. Znaczenie mają jego wiek, stan zdrowia, dotychczasowa relacja z każdym z rodziców, rytm dnia, szkoła, zajęcia dodatkowe, odległość między miejscami zamieszkania i możliwości organizacyjne rodziców. Dziecko nie powinno być stawiane przed wyborem jednego z rodziców ani obciążane odpowiedzialnością za ostateczny harmonogram. Jego zdanie powinno być jednak uwzględniane stosownie do wieku i dojrzałości. Prawo rodzinne również nakazuje rodzicom wysłuchiwać dziecka w ważniejszych sprawach, jeżeli pozwala na to jego rozwój i stan zdrowia.
Dopiero na tej podstawie powstają możliwe warianty rozwiązania. Mediator pomaga rodzicom ocenić, które propozycje są realne, przewidywalne i możliwe do wykonywania nie tylko przez najbliższe dwa tygodnie, lecz również w dłuższej perspektywie. Dobre ustalenie nie powinno opierać się na życzeniowym założeniu, że od tej chwili rodzice zawsze będą zgodni.
Ostatnim etapem jest spisanie porozumienia. Powinno ono być konkretne i zrozumiałe. Jeżeli mediacja odbywa się w ramach postępowania sądowego, mediator przekazuje sądowi protokół i zawartą ugodę. Ugoda zatwierdzona przez sąd ma moc prawną ugody sądowej, o ile jej treść jest zgodna z prawem i nie narusza dobra dziecka. Może także stać się ona podstawą rozstrzygnięcia - treści wyroku, np. w sprawie rozwodowej.